由于高效过滤器一般作为过滤末端，因此对高效过滤器的各项要求也为严格，出厂需逐台检测。高效过滤器作为末端是各级过滤器中关键的一级，需要额外的“观照”。要延长高效过滤器的使用寿命，根本的办法是将灰尘挡在预过滤器。更换预过滤一般无须停产、无须调试，所以有经验的业主会把注意力和金钱放在预过滤器上。对于10000级和100000级洁净厂房。预过滤可选用F8过滤器（比色法95%），这样，末端高效过滤器的使用寿命一般可达五年。在国外项目中和国内新项目中，F8过滤器是非均匀流洁净室常见的预过滤器。对于芯片厂100级，10级或更高级别的洁净厂房，预过滤器的常见效率级别为H10（MPPS85%），许多新项目索性选用HEPA（对0.3um粒子的效率≥99.97%）。在国内过去的洁净室空调系统设计中，过滤器常见配置为：粗效→中效→高效。那时高效过滤器的使用寿命仅为1—3年，差的也就几个月。可见，预过滤器的效率高低决定末端过滤器使用的寿命。
有些场合，对高效过滤使用寿命的规定不是出于对阻力的考虑，而是其它因素。若厂房中有氢氟酸，而车间空调又不全新风系统，高效过滤器的玻璃纤维滤纸会受到回风的腐蚀，为了安全，必须定期更换高效过滤器。有些财大气粗的制药厂，每年雨季过后要更换高效过滤器，为的是防止过滤器上任和可能的霉菌污染。有些生物实验室和与危险品打交道的实验室，在开展一项新的重要课题前，为了可靠，应使用新的高效过滤器。
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